Ano de 1972, Oséias da Rocha Machado, presbítero da IPB do bairro Santo Elias, morador do bairro de Vila Emil, começa em sua casa um ponto de pregação, reunindo amigos e vizinhos para estudo da Bíblia e oração. Além de sua família, juntam-se a ele o irmão José Carlos Rodrigues, instrumentistas que o acompanhava no trabalho evangelístico, e a irmã Asteolinda Freitas dos Santos.
O trabalho contava com a assistência pastoral do pastor auxiliar da IPB Santo Elias, Plínio de Souza.
Com o bom andamento do trabalho, o presbítero Oséias percebe a necessidade de adquirir um imóvel capaz de acolher a congregação que vinha surgindo. Motivado por essa ideias, leva ao Conselho da igreja sede, presidido pelo pastor Isaías de Souza Maciel, a proposta de compra de um imóvel na rua Ambrósio 380. Por providência de Deus, o Clube dos Quarenta, lugar de pregação da palavra de Deus e acolhimento de salvos em Jesus Cristo. A necessidade de um zelador, troue o casal Ana e Antônio Firmino, membros da IPB Santo Elias, que cuidavam do novo espaço e contribuíam para o crescimento do trabalho.
Já na nova instalação, o casal Jailson e Enir Lessa somam força para evangelização das crianças do bairro, promovendo Escola Bíblica de Férias e outros eventos evangelísticos. Eles contam com a ajuda da irmã Onélia Wandermurem, que já contribuía com os seus talentos para o trabalho da congregação. Com o tempo, novas famílias foram agregando forças, como das irmãs Marina Monteiro, irmã Rosalina Pereira de Brito, Ilda Maria da Silva e suas filhas Irene de Abreu Oliveira e suas filhas Suely e Solange, entre outras irmãs. Assim o trabalho foi evoluindo e tomando estrutura de congregação. Organiza-se então, o primeiro departamento, a SAF, em 27 de abril de 1980, que teve como primeira presidente a irmã Ilda Maria da Silva.
Chamado para desenvolver o seu ministério em outro campo, o presbítero Oséias se despede da Congregação Presbiteriana de Vila Emil. Em 02 de janeiro de 1983, assume o comando do trabalho o presbítero Clóvis Rufino da Costa, junto com sua família. É em sua gestão que os demais departamentos vão sendo organizados: a UCP (1983), a UMP (1983), a UPA (1986), e, por fim, a UPH (1994).
Sob o comando do Pastor Clóvis, agora já oronado, um novo templo é erguido no mesmo local, ampliando o espaço para o acolhimento de muitas famílias que chegavam em resposta ao intenso trabalho de evangelismo, de visitação, de oração e pregação da Palavra de Deus. Na área musical, o irmão José Carlos permanecia como instrumentista e regente de grupos musicais. Outros irmãos capazes chegavam para contribuir com seus talentos na área da música, tornando o louvor e a adoração uma característica marcante da congregação. Chega também o Seminarista Sérgio Nardacci Duarte, que muito contribui para o ministério do ensino.
Com a evolução do trabalho, a congregação demonstra ter condições de tornar-se independente e dar prosseguimento como igreja organizada. Em 19 de março de 1995 ocorre, então, a organização da Igreja Presbiteriana de Vila Emil e a ordenação do pastor Sérgio Nardacci Duarte, pelo presbítero de Nilópolis. O primeiro conselho é formado pelos presbíteros José Carlos Rodrigues, Jorge da Silva Pureza, Sebastião Carlos da Silva Meireles e Roberto Claudioso Manoel Custódio.
O pastor Sérgio dá seguimento ao trabalho já estabelecido e promove a organização do coro Dôminus - que antes se reunia informalmente para a cantata de Natal, do Ministério de Louvor e Ministériode Oração. Com o tempo, novos ministérios vão sendo organizados para atender a expansão do trabalho do Senhor, como o Ministério de Missões e Evangelismo, Ministério de Família e, o mais recente Ministério de Libras.
O espaço torna-se pequeno para acolher não só o número de membros que o Senhor acrescentava a cada dia, como também os projetos de grande vulto que a igreja passa a promover. A aquisição de um novo espaço se faz necessário. Mais uma vez Deus protagoniza a história da IPB Vila Emil, concedendo a aquisição de dois imóveis na rua Crispim 641, 651, no dia 15/04/2000. A partir de então, os membros seguem no desafio da construção do novo templo. Assim, em 22 de outubro de 2017, os membros da igreja marcham com louvor e celebração pelas ruas do bairro em direção ao novo templo construído, inaugurado o novo espaço de culto e adoração a Deus.
No período de 2015-2017 o pastor Ubirajara da Silva Maciel prestou a sua rica contribuição como seminarista e depois pastor auxiliar do Rev. Sérgio.
Vinte e cinco anos de igreja organizada. Mas como a história demonstra, o trabalho da IPB Vila Emil vai além desse tempo. "Mas em todas essas coisas, somos mais que vencedores, por meio daquele que nos amou". Rm 8:37